Bien que le paysage d'Asterousia semble vide et stérile, cette région est en réalité très importante du point de vue écologique. C'est pour cette raison qu'elle est incluse dans le réseau Natura 2000. C'est ici que vivent les dernières populations de gypaètes en Grèce. Il s'agit d'un grand rapace charognard qui est en voie de disparition. Ce vautour est protégé par une directive communautaire. La région d'Asterousia constitue un des derniers refuges du gypaète barbu (Gypaetus Barbatus) en Crète et plus généralement en Grèce.
Mis à part le gypaète barbu rare, un total de 192 espèces d'oiseaux a été enregistré à ce jour à Asterousia, dont certains vivent ici en permanence, tandis que d'autres sont migratoires. Le vautour fauve (Gyps fulvus), l'aigle royal (Aquila chrysaetos), l'aigle de Bonelli, le faucon pèlerin, le faucon d'Éléonore figurent parmi les oiseaux que l'on trouve à Asterousia. On y trouve également des espèces endémiques telles que l'escargot Albinaria Terebra.
Quant à la flore, la garrigue domine le paysage. Cela est dû au climat aride d'Asterousia, avec des températures élevées et des précipitations minimales, ainsi qu'à l'activité humaine (pâturage). Il existe cependant des exceptions, telles que les pentes méridionales de Kofinas. Celles-ci sont couvertes d'une forêt de pins qui s'étend jusqu'au monastère de Koudoumas.
Les amateurs de plongée sous-marine auront en outre l'occasion d'admirer l'écosystème sous-marin très riche d'Asterousia. Celui-ci comprend de vastes herbiers de Posidonia (Posidonia Oceanica) ainsi que d'autres espèces tels que des coraux, des éponges, des anémones, etc.
